Da solte man sich mal beim Hersteller erkundigen, welche Stoffe in dem Zeugs enthalten sind, und ob diese evtl. Fischgiftig sind.
Das die Fische für die Zeit der Reparatur draußen sind, hatte ich mal vorausgesetzt.
Nach dem Aushärten würde ich mal vermuten (aber wie gesagt: Zur Sicherheit nachfragen), dass es relativ unkritisch ist, zumals ja nur eine sehr kleine Menge an der Stelle, an der vorher der Kratzer war, verbleibt.
Mit Zahnpasta wirst Du bei einem richtigen Kratzer wahrscheinlich nicht viel Erfolg haben.
Aus welchem Material bestehen denn die Scheiben genau?